FFF 用户手册【中文】

用户7744

2023年9月15日修改

FFF App (https://app.bohrium.dp.tech/fff) 可用于提升冷冻电镜中结构搭建的效率和精度。FFF App 提供了两个使用模式供用户选用：

从密度图中搭建结构：1_map2struct | Build a structure from a cryo-EM map ​

从密度图中识别结构：2_map2seq | Cryo-EM map recognition only

使用场景

FFF App 目前支持单链蛋白的冷冻电镜结构搭建。对于多链蛋白，上传密度图之前需要先对原始密度图进行分割/剪切，仅保留需要打结构的单链部分。另外，上传的fasta/pdb 也需要和密度图相匹配。​

注意⚠️：

•
上传的序列必须是全长，FFF会根据上传的全长序列来确定residue ID​

•
上传的密度图的大小必须能够覆盖到上传的初始结构（pdb)​

使用流程

1.
map2struct 模式​

1.
 (使用ChimeraX等软件) 预先将电镜密度图处理成只包含单链的子密度图​

2.
选择 1_map2struct | Build a structure from a cryo-EM map 模式​

输入电镜密度图 (*.mrc, *.ccp4)，可以选择从本地上传或者从工作空间选择

输入蛋白质序列 (*.fasta)，可以选择从本地上传或者从工作空间选择

输入初始蛋白质结构 (*.pdb)，可以从RCSB数据库中检索类似蛋白或者使用蛋白质折叠预测结果（e.g. Uni-Fold）

调整任务参数及系统参数

上传数据后，点击Next，进入任务参数设置；然后点击Next，进入系统参数设置。​

参数说明可查看 FFF App 用户手册【中文】

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